我想是模拟前端电路比较令楼主你烦恼吧？如果硬件方面没有定好的话，那么PCB就没办法动工了。
所以建议楼主选择每个应用方案时都得三思而行，包含元件采购、易用、成本、还有PCB面积等等综合因素。
希望你也不要因为大家对你的期望而形成压力，我们将继续关注...

楼主记得将RTC做上，比如DS1302用CR2320供电。这部分有时还是比较实用，如果你的PCB面积空间够的话。可以将SD/MMC卡做上。这个位置留着不会坏，用得上就用。比如用于存储数据以文本格式存储。
我估计你这块应该不小。电源部分是否有用到DC/DC这些模块？电源部分还是比较重要的。比如你的模拟前端的运放电路，如果能用到正负供电在调理动态信号方面都比较好。

对，对...我没想起你是用F5438的。这样就可以省去外围时钟芯片了。外围需要一个外围电池，但这样有一个问题就是供方面你要特别处一下。另外，直正关机或休眠时你的软件得一定要进入低功耗模式。否则很难保证电池的寿命，这是使用内部RTC的最大烦恼。因为F5438的内部RTC没有独立供电的，这点有点不爽。如果是外置RTC，则不必担心这个问题。

至于门电路当然是单门的方便了。走线方面也简单多了。做样时这个采购方面可能相对要难买一些，如果在别的城市的话。

在其他接口方面，你的功能越做越多了。建议将数码管省掉，这个总不是主流应用。也没必要做他的接口。大不了以后让数码管接口与LCD接口共用。反而建议将LCD接口做成多种常用接口，以便不同型号的使用。网络功能也要，这个有多大必须呢。你计划用什么芯片？Microchip的EN28J60也不错。网上有AVR开源例子可以移植过来使用。

看来你的板子真的有点大了，成本不断上升。你是不是做成一个工控采集主板....会不会有网友打算更换成ARM处理器呢。

这个会跟你的LCD模块直接有关，具体以能不能还得看个人所使用的模块有。

板子好大块阿！目前看到的就是“大”！期待初版的效果如何，估计楼主在短期内也不会将所有功能做齐吧。
对于这块板，我个人比较关注你的模块电路之间的隔离性还有重要一点的就是模拟前端的测量精准度情况。
“模拟测量精度”+“电性隔离”[EM15]